Yaris Cross имеет полностью оригинальный кузов — общих элементов с обычным Ярисом нет. Внешне кроссовер выглядит «по-взрослому» благодаря грубоватому на вид пластиковому обвесу с контрастной отделкой, почти плоскому капоту, выпуклым колесным аркам и в целом отказу от излишне плавных линий.